Salut.
Dans un premier temps, tu dois savoir que l'assurance maladie n'a rien à voir avec la vie professionnelle. Si elle es affiliée à une caisse maladie en Suisse, celle-ci prendra en charge, dans la mesure où elle répond aux conditions du modèle choisi (médecin de famille, libre choix du médecin, etc...).
Pour l'assurance perte de gain, tu peux trouver une réponse dans le règlement de travail. Si ta femme est en intérim auprès de 2 agences, elle a donc 2 contrats, 2 fiches salaires et 2 règlements de travail.
Dans ce cas, c'est à chaque fois l'entreprise intérimaire qui est son employeur officiel et non les endroits où elle travaille. L'employeur officiel est toujours celui qui a son nom sur les fiches salaires. Les documents pour l'indisponibilité sont donc à envoyer à ces entreprises (fais toujours une copie des certificats avant de les envoyer).
En Suisse romande, c'est l'échelle Bernoise qui sert de référence pour les absences liées pour cause de maladie. Donc sauf convention contraire, l'obligation de payer le salaire est limité à 3 semaines pour la première année de service, 1 mois dès 366 jours (ou 367 jours) de service.
Est considéré comme année de service : Année entre le moment où le contrat a débuté et le moment du sinistre (en l'occurence, la maladie).
Il va de soit qu'une fois que ta femme aura accouché, d'autres conditions s'appliqueront, conformément au congé maternité.
